هیئت امناء نماد خرد جمعی در تدبیر امور دانشگاه جهت تولید علم و توسعه کشور است

فلسفه وجودی هیأت های امناء به رسالت و مأموریت دانشگاهها مربوط می شود.
اصلی ترین رسالت مؤسسات آموزش عالی پژوهش و نظریه پردازی و تبدیل آن به آموزش و ارتقاء دانش و نهایتا تربیت نیروی انسانی ماهر، متخصص وکارآفرین و مولد ثروت می باشد.
تحقق هدف فوق با قوانین و مقررات پایدار و غیر قابل تغییر ممکن نیست. باید ساخاری برای این مؤسسات پیش بینی گردد تا فارغ از همه عوامل، عنداللزوم تصمیمات مقتضی اتخاذ نمایند. موضوع فوق باعث شده که در تمام کشورها مقررات خاصی وضع گشته و دانشگاهها از استقلال عمل بیشتری برخوردار گردند.
هیأت امناء در رأس ساختار سازمانی دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی، بالا‌ترین مرجع سیاست‌گذاری و تصمیم‌گیری بوده و مسئولیت های مهم و حساسی را بر عهده دارد پس از انقلاب شکوهمند اسلامی، شورای عالی انقلاب فرهنگی با تصویب قانون تشکیل هیأت های امناء دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی شرایطی را فراهم نمود تا هیأت امناء بعنوان رکن اصلی دانشگاه، نقش فعال و سازنده در اداره امور دانشگاه ها را داشته و بتواند فارغ از قوانین و مقررات کشوری بر اساس نیازها و مشخصات دانشگاه تصمیم گیری نماید.
قانون تشکیل هیأت های امناء دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی، در جلسات 181 و 183 مورخ 9 و 23 /12 /1367 شورای عالی انقلاب، فرهنگی به تصویب رسید.
لازم به ذکر است تا پایان سال 69 به رغم تصویب قانون تشکیل هیأت های امناء کماکان هیأت سه نفره جانشین هیأت امناء به فعالیت خود ادامه می داد. در دی ماه سال 1369 قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و تحقیقاتی به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید که در تاریخ 1369/10/26 شورای نگهبان آن را تأیید نمود.
متعاقب آن دانشگاههای وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فنآوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به ایجاد هیأت های امناء در دانشگاهها و موسسات علمی و تحقیقاتی وابسته همت گماشتند.
ماده 49 قانون برنامه چهارم توسعه و ماده20 قانون برنامه پنجم توسعه و ماده 1 احکام دائمی برنامه های توسعه کشور مصوب 10 /11 /95 راه را برای هیأت امناء و وزارت متبوع هموارتر نمود؛ همچنین در همین راستا در سال ۱۳۹۰ کلیه دانشگاهها و مؤسسات در ساختار خود واحدی ستادی در حوزه ریاست مؤسسه بنام دبیرخانه هیأت امناء با تصویب هیأت امنای خود و تایید وابلاغ وزارت بوجود آوردند تا به عنوان بازوی ارتباطی بین اعضای اصلی، مسئولین دانشگاه و وزارت متبوع بوده و هماهنگی های لازم را برای پویایی هیأت امناء و اجرایی شدن مصوبات بوجود آورند.

تاریخچه تشکیل هیات امنای دانشگاههای علوم پزشکی

هيات امنا, براي اولين بار در ايران در اساسنامه دانشگاه شهيد بهشتي (ملي سابق) مصوب 1339 به عنوان ركن اول دانشگاه مطرح شد. اما اولين دانشگاهي كه داراي هيات امنا شد, دانشگاه شيراز (پهلوي سابق) است. براساس قانون تاسيس اين دانشگاه كه در سال 1343 به تصويب رسيد, هيات امنا نماينده قانوني دانشگاه بود و كليه امور علمي, فني, آموزشي, مالي, اداري و استخدامي دانشگاه نيز زير نظر آن اداره مي‌شد
قانون تشكيل و اختيارات هيات امناي دانشگاه تهران در سال 1346 براي فراهم كردن تسهيلات لازم در امور اداري, مالي, سازماني و استخدامي اين دانشگاه به تصويب رسيد.
اعضاي هيات امناي دانشگاه تهران عبارت بودند از: نخست وزير, وزير دربار, وزير آموزش و پرورش, وزير دارايي, مديرعامل شركت ملي نفت ايران, رئيس دانشگاه تهران, مديرعامل سازمان برنامه, دبيركل سازمان امور اداري و استخدامي كشور و 7 نفر از شخصيتهاي فرهنگي, دانشگاهي و اقتصادي كشور كه به پيشنهاد وزير آموزش و پرورش و تصويب هيات دولت منصوب مي‌شدند
در سال 1350, قانون هياتهاي امناي موسسات عالي علمي- دولتي به تصويب مجالس وقت رسيد و براساس اين قانون, دانشگاهها موظف شدند كه هيات امناي مستقلي تشكيل دهند. هدف از اين قانون ايجادهماهنگي و يكپارچگي بيشتر ميان همه دانشگاهها و موسسات آموزش عالي بود.در سال 1353, قانون اصلاح پاره‌اي از مواد قانون هياتهاي امناي موسسات عالي علمي- دولتي در مجالس وقت به تصويب رسيد. بر طبق اين قانون وزارت علوم و آموزش عالي مكلف شد كه براي هر يك از دانشگاههاي دولتي و غيردولتي و موسسات آموزش عالي و پژوهشي دولتي, هيات امنايي با تركيب و وظايف يكسان و طبق مقررات مربوطه تشكيل دهد.
بعد از پيروزي انقلاب اسلامي به استناد لايحه قانوني انحلال هيات هاي امناي دانشگاهها و موسسات آموزش عالي و پژوهشي اعم از دولتي و غير دولتي وخصوصي مصوب13/12/1357وظايف واختيارات هياتهاي امناي كليه دانشگاه ها وموسسات آموزش عالي منحل و وظايف و اختيارات هياتهاي امناي كليه دانشگاهها و موسسات آموزش عالي طبق همين قانون به هيات 3 نفري جانشين هيات هاي امنا واگذار شد